Recherche de déterminants génomiques impliqués dans l'hypertension, sur le chromosome X, chez des familles du Saguenay-Lac-Saint-Jean

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Brazilian genetic database of chromosome X

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Non-synonymous mutations mapped to chromosome X associated with andrological and growth traits in beef cattle

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Clinico-genetic aspects of a pediatric non-neurofibromatosis type 1 malignant triton tumor with loss of chromosome X

Malignant triton tumor (MTT) is an aggressive peripheral nerve sheath tumor with rhabdomyoblastic differentiation. Less than 100 cases have been described, being mostly male children with type 1 neurofibromatosis. We report a 6-year-old female with MTT and no diagnostic criteria for neurofibromatosis type 1. Cytogenetic analysis showed a 46,X,-X[4]/46,XX[16] karyotype. She underwent a transfemoral amputation and chemotherapy and is free of disease 15 months after diagnosis. The few cytogenetic studies of MTT described in the literature have been inconclusive. Further cytogenetic analyses are needed to understand the role of chromosome X monosomy in the pathogenesis of this rare tumor. Pediatr Blood Cancer 2012; 59: 13201323. (C) 2012 Wiley Periodicals, Inc.

Structure génétique des populations : modèle amérindien et les haplotypes du chromosome X

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mise au point d'une nouvelle approche permettant la génération de délétions chevauchantes sur le chromosome X des cellules ES

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Caractérisation de l'inactivation du chromosome X chez l'humain à la naissance : distribution et transmission des ratios d'inactivation

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Structure génétique des populations : modèle amérindien et les haplotypes du chromosome X

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mise au point d'une nouvelle approche permettant la génération de délétions chevauchantes sur le chromosome X des cellules ES

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Caractérisation de l'inactivation du chromosome X chez l'humain à la naissance : distribution et transmission des ratios d'inactivation

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rapid evolution of cancer/testis genes on the X chromosome.

BACKGROUND: Cancer/testis (CT) genes are normally expressed only in germ cells, but can be activated in the cancer state. This unusual property, together with the finding that many CT proteins elicit an antigenic response in cancer patients, has established a role for this class of genes as targets in immunotherapy regimes. Many families of CT genes have been identified in the human genome, but their biological function for the most part remains unclear. While it has been shown that some CT genes are under diversifying selection, this question has not been addressed before for the class as a whole. RESULTS: To shed more light on this interesting group of genes, we exploited the generation of a draft chimpanzee (Pan troglodytes) genomic sequence to examine CT genes in an organism that is closely related to human, and generated a high-quality, manually curated set of human:chimpanzee CT gene alignments. We find that the chimpanzee genome contains homologues to most of the human CT families, and that the genes are located on the same chromosome and at a similar copy number to those in human. Comparison of putative human:chimpanzee orthologues indicates that CT genes located on chromosome X are diverging faster and are undergoing stronger diversifying selection than those on the autosomes or than a set of control genes on either chromosome X or autosomes. CONCLUSION: Given their high level of diversifying selection, we suggest that CT genes are primarily responsible for the observed rapid evolution of protein-coding genes on the X chromosome.

Assignment of chromosome rearrangements between X chromosomes of human and cattle by laser microdissection and Zoo-FISH

Cross-species fluorescence in-situ hybridization (Zoo-FISH) was performed on cattle metaphase spreads using Homo sapiens X chromosome (HSAX) painting probes specific for the p- and q-arms to identify the cytogenetic location of a chromosome breakpoint between HSAX and the Bos taurus X chromosome (BTAX). The existence of a breakpoint is strongly suggested by recent radiation hybrid and FISH mapping results. Hybridization probes were generated by microdissection of HSAX p- and q-arms using the contact-free technology of Laser Microdissection and Pressure Catapulting (LMPC), amplification of the isolated chromosome material by DOP-PCR, and labelling of the PCR products with digoxigenin in a secondary PCR. Independent Zoo-FISH of the two painting probes on bovine metaphase chromosomes (detected by antidigoxigenin-fluorescein) resulted in clear hybridization signals on BTAX. A breakpoint was identified between HSAXp and HSAXq on BTAX, and narrowed down between the G-bands BTAXq25 and BTAXq26. The assumed centromere transposition between HSAX and BTAX associated with the rearranged chromosome segments is supported by cytogenetic assignments of the genes BGN and G6PD to BTAX.

Caracterização de alterações epigenéticas no gene JARID1C e desequilíbrios genéticos como causas do retardo mental ligado ao x de etiologia idiopática

O retardo mental (RM) é caracterizado por um funcionamento intelectual significantemente abaixo da média (QI<70). A prevalência de RM varia entre estudos epidemiológicos, sendo estimada em 2-3% da população mundial, constituindo assim, um dos mais importantes problemas de saúde pública. Há um consenso geral de que o RM é mais comum no sexo masculino, um achado atribuído às numerosas mutações nos genes encontrados no cromossomo X, levando ao retardo mental ligado ao X (RMLX). Dentre os genes presentes no cromossomo X, o Jumonji AT-rich interactive domain IC (JARID1C) foi recentemente identificado como um potencial candidato etiológico do RM, quando mutado. O JARID1C codifica uma proteína que atua como uma desmetilase da lisina 4 da histona H3 (H3K4), imprescindível para a regulação epigenética. Tão recente como a identificação do gene JARID1C, é a descoberta de que mudanças no número de cópias de sequências de DNA, caracterizadas por microdeleções e microduplicações, poderiam ser consideradas como razões funcionalmente importantes de RMLX. Atualmente, cerca de 5-10% dos casos de RM em homens são reconhecidos por ocorrerem devido a estas variações do número de cópias no cromossomo X. Neste estudo, investigamos mutações no gene JARID1C, através do rastreamento dos éxons 9, 11, 12, 13, 15 e 16, em 121 homens de famílias com RM provavelmente ligado ao X. Paralelamente, realizamos a análise da variação do número de cópias em 16 genes localizados no cromossomo X através da técnica de MLPA no mesmo grupo de pacientes. Esta metodologia consiste em uma amplificação múltipla que detecta variações no número de cópias de até 50 sequências diferentes de DNA genômico, sendo capaz de distinguir sequências que diferem em apenas um nucleotídeo. O DNA genômico foi extraído a partir de sangue periférico e as amostras foram amplificadas pela técnica de PCR, seguida da análise por sequenciamento direto. Foram identificadas três variantes na sequência do gene JARID1C entre os pacientes analisados: a variante intrônica 2243+11 G>T, que esteve presente em 67% dos pacientes, a variante silenciosa c.1794C>G e a mutação inédita nonsense c.2172C>A, ambas presentes em 0,82% dos indivíduos investigados. A análise através do MLPA revelou uma duplicação em um dos pacientes envolvendo as sondas referentes ao gene GDI1 e ao gene HUWE1. Este trabalho expande o estudo de mutações no gene JARID1C para a população brasileira ereforça a importância da triagem de mutações neste gene em homens portadores de RM familiar de origem idiopática, assim como, é primeiro relato científico relativo à investigação de variações no número de cópias de genes localizados no cromossomo X em homens brasileiros com RM, através da técnica de MLPA.

Desenvolvimento e validação de sistema multiplex X-STR para identificação humana por DNA

Novas metodologias de análise molecular voltadas para estudos populacionais, clínicos, evolutivos, da biodiversidade e identificação forense foram desenvolvidas com base em marcadores microssátelites ou STR Short Tandem Repeats. Os marcadores STR, que estão amplamente espalhados nos genomas e se caracterizam por apresentar alto grau de polimorfismo, podem ser analisados a partir da amplificação por PCR (Reação em Cadeia da polimerase). A análise foi facilitada a partir do desenvolvimento de sistemas de amplificação simultânea de múltiplos STR (multiplex STR) e com a detecção automatizada dos produtos de amplificação marcados por fluorescência. Recentemente, o uso de marcadores STR do cromossomo X (X-STR) tornou-se significativo na prática forense. Devido ao seu modo de transmissão, os X-STR são úteis em situações particulares de investigação de relações de parentesco, apresentando vantagens sobre o uso de STR autossômicos. Este estudo teve como principal objetivo o desenvolvimento e validação de sistema multiplex, denominado LDD (X-STR) Decaplex, capaz de amplificar dez loci X-STR (DXS7133, DXS7424, DXS8378, DXS6807, DXS7132, DXS10074, DXS7423, DXS8377, GATA172D05 e DXS10101) para aplicação em genética populacional, identificação e análises forenses. Utilizando o LDD (X-STR) Decaplex 170 indivíduos autodenominados afrodescendentes, não aparentados geneticamente, foram genotipados. As freqüências alélicas e genotípicas não apresentaram desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg e estão em concordância com aquelas observadas em outros estudos. Os haplótipos observados foram únicos em indivíduos de amostra masculina. A análise de desequilíbrio de ligação não revelou associação entre os marcadores X-STR. A diversidade genética foi elevada, variando entre 0,6218 para o locus DXS7133 a 0,9327 para o locus DXS8377. Os parâmetros de Probabilidade de Vinculação (PV), Índice de Vinculação (IV), Poder de Exclusão (PE), Poder de Discriminação e Razão de Verossimilhança foram também elevados, demonstraram que os dez X-STRs são altamente polimórficos e discriminativos na população estudada. A concentração mínima de DNA para a amplificação dos loci do LDD (X-STR) Decaplex é de 0,5 ng e verificamos que amplificação por PCR pode ser afetada quando são adicionados mais de 5 ng de DNA nas reações. Os percentuais de bandas stutter foram elevados para os loci DXS7132 e DXS8377. No teste de reprodutibilidade observamos consistência entre as tipagem de diferentes amostras biológicas, incluindo as de restos mortais. No teste de mistura a proporção limite em que observamos a coexistência de duas espécies biológicas foi de 2,5:1ng (feminino-masculino). Os resultados evidenciaram que os loci do LDD (X-STR) Decaplex são altamente informativos, consistindo, em conjunto, uma ferramenta importante em estudos de identificação humana e de relações de parentesco.

Investigação de alterações em genes de microRNAs expressos no cérebro como causa de deficiência intelectual ligada ao cromossomo X

A Deficiência Intelectual (DI) é uma condição definida como um funcionamento intelectual significativamente prejudicado, expresso juntamente com limitações em pelo menos duas áreas do comportamento adaptativo que se manifestam antes dos 18 anos de idade. A prevalência estimada da DI na população em geral é de 2-3% e um número expressivo de casos permanece sem um diagnóstico definitivo. Há um consenso geral de que a DI é mais comum em indivíduos do sexo masculino em relação aos do sexo feminino. Entre as explicações para este excesso está a concentração de genes específicos para a habilidade cognitiva no cromossomo X. MicroRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA não codificador que modulam a expressão gênica pós-transcricional de RNAs mensageiros alvo. Recentemente, estudos têm demonstrado a importância essencial dos miRNAs para o desenvolvimento e funcionamento cerebrais e sabe-se que o cromossomo X tem uma alta densidade de genes de miRNAs. Neste contexto, os miRNAs são candidatos potenciais como fatores genéticos envolvidos na Deficiência Intelectual Ligada ao X (DILX). Neste estudo, foram analisadas as regiões genômicas de 17 genes de miRNAs expressos no cérebro localizados no cromossomo X, com o objetivo de investigar o possível envolvimento de variantes na sequência destes miRNAs na DILX. Para este fim, selecionamos amostras de DNA genômico (sangue periférico) de 135 indivíduos do sexo masculino portadores de DI sugestiva de DILX de um grupo de mais de 1.100 pacientes com DI encaminhados ao Serviço de Genética Humana da UERJ. O critério de inclusão para este estudo era de que os probandos apresentassem um ou mais parentes do sexo masculino afetados pela DI que fossem interligados por via materna. As amostras de DNA dos pacientes foram amplificadas utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase, seguida por purificação e sequenciamento direto pelo método de Sanger dos fragmentos amplificados. Para avaliar a conservação dos 17 miRNAs foi realizada uma análise filogenética in silico incluindo sequências dos miRNAs selecionados de humanos e de outras 8 espécies de primatas estreitamente relacionadas. Não foram encontradas alterações nas sequências nos genes de 17 miRNAs analisados, mesmo diante do padrão genético altamente heterogêneo da população brasileira. Adicionalmente, a análise filogenética destes miRNAs revelou uma alta conservação entre as espécies comparadas. Considerando o papel dos miRNAs como reguladores da expressão gênica, a ausência de alterações e a alta conservação entre primatas sugerem uma forte pressão seletiva sobre estas moléculas, reforçando a sua importância funcional para o organismo em geral. Apesar de não termos encontrado variantes de sequência nos miRNAs estudados, o envolvimento de miRNAs na DI não pode ser completamente descartado. Alterações fora da molécula de miRNA precursor, nos fatores de processamento, nos sítios alvo e variações no número de cópias de genes de miRNAs podem implicar em alteração na expressão dos miRNAs e, consequentemente, na funcionalidade do miRNA maduro. Sendo assim, uma análise sistemática da expressão de miRNAs em pacientes com DILX é urgentemente necessária, a fim de desvendar novos genes/mecanismos moleculares relacionados a esta condição.